Спор возник из госконтракта на строительство первого участка железнодорожной ветки Кызыл (Тува) — Курагино (Красноярский край). Компания в 2011 году выиграла конкурс Росжелдора на этот проект, предложив построить участок за 44,306 миллиарда рублей. В январе 2013 года «Стройновация» получила письмо, в котором сообщалось о прекращении финансирования по контракту и содержалось предложение его расторгнуть.
Стороны подали в арбитраж Москвы встречные иск друг к другу о расторжении контракта. При этом ведомство дополнительно требовало вернуть 5 миллиардов рублей аванса, а компания — оплатить выполненные работы на сумму 6 миллиардов рублей. Арбитраж Москвы в апреле 2014 года частично удовлетворил иск компании, взыскав в ее пользу 3,9 миллиарда рублей.
Иск Росжелдора был отклонен, поскольку суд установил, что Альфа-банк по требованию ведомства уже перечислил ему сумму аванса по банковской гарантии, тем самым погасив обязательства «Стройновации». Это решение устояло в апелляции и первой кассации. Кассационные жалобы на него в Верховный суд подали обе стороны конфликта. Однако высшая судебная инстанция не нашла оснований для пересмотра дела.
