Он обвинялся по статьям 144-1 (пытки) и 333 (превышение служебных полномочий) Уголовного кодекса Грузии.
Согласно обнародованному в среду приговору суда, вместе с Ахалая тюремные сроки получили бывшие высокопоставленные сотрудники МВД Грузии - Леван Кардава, Георгий Мазмишвили и Мегимс Кардава. Двое из них - Кардава и Мазмнишвили - осуждены непосредственно за убийство трех молодых людей в ходе спецоперации у Навтлугского вокзала в Тбилиси. Эта операция проводилась по указанию главы департамента конституционной безопасности МВД Даты Ахалая, брата Бачо Ахалая. Тогда следствие заявляло, что убитые молодые люди готовили побег заключенных из тюрьмы.
Бывший министр обороны Ахалая, занимавший в 2006 году пост начальника департамента по исполнению наказаний, обвинялся в избиении заключенных – родственников убитых молодых людей, которые якобы готовили их побег.
Ахалая обвиняется также еще по нескольким возбужденным уголовным делам. Он уже два года находится в предварительном заключении и заявляет о своей невиновности по всем вменяемым ему преступлениям.
Ахалая возглавлял Минобороны Грузии в 2009-2012 годах. В июле 2012 года он занял пост министра внутренних дел, но уже в сентябре ушел в отставку после скандала с пытками заключенных в Глданской тюрьме в Тбилиси. После смены власти в конце того же года он был арестован.
В октябре 2013 года Ахалая получил три года и девять месяцев лишения свободы по делу о провокации тюремного бунта и жестоком обращении с его участниками, однако занимавший на тот момент пост президента Михаил Саакашвили помиловал его. Также Ахалая был оправдан по делам о бесчеловечном обращении со спецназовцами, пытках, незаконном лишении свободы и превышении служебных полномочий в отношении военных.