Во-первых, памятник Генералка-2 имеет основной двухслойный комплекс и несколько более поздних захоронений. Первый слой Генеральши-2 представлено системой рвов, которые сориентированы по сторонам света выступлениями в северной и северо-западной частях комплекса. Рвы начали строить вокруг площадки примерно в период 3020-2800 лет до нашей эры. Исходя из характера находок можно предположить, что рвы — это следы траншей от небольших каркасных стен или ритмично расположенных столбовых конструкций. В таком случае они могли быть частью ограждения (изгороди). В то же время столбы стояли и отдельно за рвами и имели самостоятельное значение. Во время и после сооружения комплекса вдоль этих конструкций зафиксированы места с материалом ритуального характера (жертвенник с нижней челюстью человека, яма с черепом).
Несколько позже, около 2750-2500 лет до н. е., на территорию Генеральши-2 снова пришли люди. Это племя было потомками тех, кто ранее построил здесь огороженное святилище. Возможно, они уже долго жили на территории островов Байда и Глупая Скала. Представители ямной культуры, новые жильцы Генеральши, используют площадку и сохранившиеся части конструкций для сооружения временного лагеря. Этот период представлен выразительной керамики со шнуровым орнаментом и пальцевыми защепами.
