Еркин Шаймагамбетов родился 7 июня 1974 года в поселке Тасбогет Сырдарьинского района Кызылординской области.
В 1998 году окончил Московский государственный авиационный институт по специальности «Космические летательные аппараты и разгонные блоки».
С марта 1998 года начал трудовую деятельность в Управлении космодрома «Байконур» Национального аэрокосмического агентства Министерства науки — Академии наук РК в должности главного специалиста отдела по контролю условий эксплуатации объектов космодрома «Байконур» (г. Байконыр).
В ноябре 1998 года назначен начальником данного отдела.
В 2005 году назначен начальником Управления космодрома «Байконур» Аэрокосмического комитета Министерства образования и науки РК.
В 2006 году назначен заместителем Председателя Аэрокосмического комитета Министерства образования и науки РК.
С 8 июня 2007 года по настоящее время работает в должности заместителя Председателя Национального космического агентства РК.
С октября 2014 года — заместитель председателя Аэрокосмического комитета Министерства по инвестициям и развитию РК.
