На основании своих исследований в 2012 году он защитил диссертацию в Берлине. С Себастьяном Штоппером делал интервью Первый канал российского телевидения, его принимал брянский губернатор, статью о нем напечатал журнал «Огонек». Однако в прошлом году все изменилось. В интернете стали появляться статьи, в которых Штоппера называли «историком, играющим в игры на пепле и костях» и «бюрократом на крови», а затем суд в Брянске решил, что в записях в своем блоге Штоппер оправдывает действия немецких оккупантов и принижает значимость партизанских военных операций на Брянщине.
Согласно заключению суда, «это может способствовать формированию у читателей негативной установки по отношению к социальным идеалам и духовным ценностям (героизм предков, уважительное отношение к ветеранам партизанского движения и 1000 их воинским заслугам), существующим в современном обществе, истории Великой Отечественной войны в целом и партизанского движения на Брянщине в частности, негативно влиять на общественное и индивидуальное сознание, мировоззрение, на процесс формирования социокультурной идентичности у молодежи и на ее содержание у более старшего поколения».
Советский районный суд Брянска 5 ноября 2013 года признал, что заметки Штоппера имеют экстремистскую направленность. В апреле 2014 года они были включены в федеральный список экстремистских материалов.
Правозащитный центр «СОВА» исследовал заметки Штоппера и пришел к таким выводам: «Признаков «оправдания агрессивных, насильственных действий немецких войск» в текстах найти не удалось. Не увидели мы и принижения значимости партизанских военных операций на Брянщине и негативной оценки их действий. Заметим также, что решением суда экстремистскими признаны не только записи в «Живом журнале» Штоппера, но и немногочисленные комментарии к ним – вполне невинного содержания. Мы считаем этот запрет неправомерным. В данном случае, как представляется, Брянский районный суд признал экстремизмом историческую дискуссию и запретил распространение точки зрения, несколько (даже не радикально) отличной от представлений судьи».
